Причина этой проблемы в том, что программа не настроена на переход по точкам соединения NTFS.
Убедитесь, что установлен флажок «Analyze Reparse Points» на вкладке «Masks & Filters» → «General Filters» в расширенном режиме, и что Syncovery настроен на переход по ссылкам на папки и файлы.